Elle collabore dès ses débuts avec Laurent Boutonnat, qui compose non seulement sa musique mais réalise aussi ses vidéoclips. Les textes de Mylène Farmer sont imprégnés de thèmes récurrents comme le sexe, la mort, la religion ou l'amour et contiennent souvent des réminiscences de certains écrivains comme Edgar Allan Poe, Luc Dietrich, Pierre Reverdy, Francesco Alberoni, Oscar Wilde, ou encore Charles Baudelaire. Sa musique a habituellement une tonalité pop, parfois accentuée de rythmes plus dance/électro ou rock.
Les clips de la chanteuse sont de véritables courts-métrages : Pourvu qu'elles soient douces dépasse même les 17 minutes. Il est cependant arrivé que les chaînes de télévision tronquent ou censurent certains clips au contenu jugé trop explicite, comme Beyond my control ou encore de Je te rends ton amour. Ce dernier, interdit de diffusion, sortit par la suite dans les kiosques au profit de la lutte contre le SIDA.
En quelques années, Mylène Farmer est devenue un mythe vivant, auquel les fans vouent un véritable culte. En 1991, un fanatique voulant absolument rencontrer son idole, tue le réceptionniste de sa maison de disques d'un coup de fusil. C'est à cette époque que la chanteuse prend de la distance vis-à-vis de son personnage public, en se faisant de plus en plus discrète dans les médias.